「拉普拉斯事件」一年後的U.C.0097，世界仍然基本沒有變化。但在此時兩年前失蹤的「獨角獸鋼彈3號機 鳳凰」突然重新出現。為了捕捉「可能性之獸」的末裔，聯邦與新吉翁甚至是與亞納海姆社關係密切的羅商會都各自展開了捕捉行動，稱為「狩獵不死鳥」行動。

U.C. 0097